ChemScript 실행 제한
By lordmiss on 2010/04/15
ChemDraw는 화학자들이 가장 많이 사용하는 화학 구조 편집 프로그램일 것이다. 개인적으로는 여러 가지 이유로 이 프로그램을 매우 싫어하기 때문에, 대학원을 마친 이후로는 실제로 사용하지 않았었다. 그런데, 유기화학자만 많은 환경에서 일을 하다보니 이걸 쓰지 않을 수가 없다. 사실, 현재 ChemBioOffice Ultra 11 버전에 들어있는 Inventory 프로그램을 이용해서 연구실 시약 관리를 하고 있는데, 이 프로그램의 경직성도 상당한 [...]
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루비 스크립트 실행 파일로 배포
By lordmiss on 2010/04/06
(프로그래밍을 전혀 모르는) 팀원들이 내가 짠 루비 스크립트를 써야 할 일이 있다보니, 이 스크립트들을 윈도우에서 동작하는 실행 파일로 만들 필요가 있었다. 이전에 csv2ufs와 마찬가지로 이번에도 rubyscript2exe를 쓸 생각이었는데, 이게 제대로 동작을 하지 않는 문제가 있었다. 구글 검색을 해 보니 루비가 업데이트되면서 동작 방식이 바뀐 것 때문에 생기는 문제인데, 해결책이 나와 있긴 했지만, 내 경우에는 이 [...]
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Ruby로 Chemical Identifier Resolver 서비스 이용하기
By lordmiss on 2010/03/14
많은 수의 화합물을 관리하는 것은 적은 수 (수십 ~ 수천개)의 화합물을 관리하는 것과는 전혀 다른 방법론을 필요로 한다. 특히 조합화학을 이용해 화합물을 합성하고 고효율스크리닝(HTS)을 통해 화합물의 약효나 성질을 알아내는 것이 일반화되어 있는 요즘과 같은 상황에서는 더욱더 그렇다. 화학자들에게 있어서 가장 중요한 것은 화합물의 구조인데, 비슷한 구조의 화합물을 많이 합성하다보면 내가 지금 합성하려는 화합물이 이미 합성한 [...]
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Chempedia의 새로운 시작
By lordmiss on 2009/11/04
화합물 정보와 관한 한, 데이터베이스가 부족하다고 느끼는 사람은 거의 없을 것이다. 이미 PubChem과 ChemSpider가 있고, Wikipedia 내에도 상당히 많은 화합물 정보가 존재한다. Wikipedia의 경우에는 정보들을 체계적으로 분류하고 의미화하는 작업까지 진행되고 있다. 그렇다면, 이 글에서 소개하고자 하는 Chempedia는 어떤 장점을 갖는 데이터베이스일까? 정보의 질 Chempedia처럼 겨우 300개도 안되는 화합물만이 등록되어 있는 데이터베이스 시스템이라면, 수천만개의 화합물을 다루는 [...]
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Molecular Informatics 잡지 2010년 발행 예정
By lordmiss on 2009/08/22
QSAR & Combinatorial Science 잡지가 2010년부터 Molecular Informatics라는 제목으로 재발행된다. QSAR과 조합화학 기반의 ligand 관련 연구만을 다루던 잡지에서 더욱 범위를 넓히게 되는 것이다. 새로운 연구 범위는 리간드-수용체 상호 작용, 분자 네트워크, 원하는 구조와 성질을 갖는 분자를 디자인하고 이를 실제로 증명하는 과정들을 포함한다고 되어 있다. 특기할만한 부분이라면, 이제는 실험을 통한 validation 부분을 가능하면 포함하도록 권고하고 있다는 [...]
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Reflect – 단백질과 small molecule 이름에 링크를
By lordmiss on 2009/06/08
Reflect라는 프로그램이 있다. 웹 페이지 안에 있는 단백질 혹은 small molecule의 이름에 자동으로 링크를 걸어주는 파이어폭스용 플러그인이다. String과 Stitch 데이터베이스 안에 들어있는 항목들에 대해서 링크를 걸어주는 것이다. 이 프로그램은 European Molecular Biology Laboratory에서 개발이 되었으며 Elsevier Grand Challenge에서 1등을 차지함으로서 $35,000의 상금을 얻은 프로젝트가 되었다. 말보다는 한 장의 스크린샷이 도움이 될 터… Reflect의 웹사이트 모습이다. [...]
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Rio – 단순한 아름다움
By lordmiss on 2009/01/12
루비는 매우 우아한 언어이다. ?View Code RUBY 3.times {print "Hello Ruby"} 위의 코드는 “Hello Ruby”라는 문자열을 세 번 출력해 준다. 이 정도 되면 루비는 사람의 마음을 잘 이해하고 있다고 해야 할 것이다. 그래서 나는 루비를 배웠고, 그걸 잘 써먹고 있다. Zinc에서 화합물 데이터베이스 파일을 전부 다운로드받아야 하는 일이 생겼다. 단순하게 0부터 순서대로 160여개의 파일이 있는데, [...]
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“대학생을 위한 과학 통계 및 워크플로우 엔진 활용” 교육 안내
By lordmiss on 2009/01/02
제가 근무하는 (사)분자설계연구소에서 다음과 같이 교육을 개최합니다. 관심 있으신 분들의 많은 참여를 부탁드립니다. 제목 : 대학생을 위한 과학 통계 및 워크플로우 엔진 활용일시 : 2008년 1월 7~9일장소 : 연세대학교 공학원 B118호 교육장수강신청 링크수강료 : 연세대학교 학생 무료, 대학(원)생 30만원, 국공립 연구소 40만원, 회사 50만원 이 교육에서는 대표적인 데이터 시각화 프로그램인 Spotfire, 워크플로우 엔진인 InforSense, Pipeline [...]
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sdf 파일의 여러 줄 데이터 처리하기
By lordmiss on 2008/12/20
MX는 Rich Apodaca가 개발하고 있는 가벼운 화학정보학 툴킷이다. 이 툴킷은 화학 구조와 데이터 파일의 표준이라고도 말할 수 있는 sdf 파일을 읽고 쓰는데 사용될 수 있음을 이 기사에서 볼 수 있다. 문제는 해당 기사에 내가 코멘트를 남긴 것처럼 SDF 파일 안에 여러 줄로 된 데이터가 있을 경우에는 첫 줄만을 읽어온다는 것이다. 이런 현상은 이 프로그램에서만이 아니고 [...]
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당신은 과학 문맹이 아니신가요?
By lordmiss on 2008/12/10
세계적으로 가장 유명한 주간지의 하나인 TIME에서 2008년 모든 것의 Top 10 리스트를 발표했다. 이 리스트에는 뉴스와 과학, 예술과 연예, 비즈니스와 기술과 스포츠, 대중문화 등 네 개의 분류 하에 모두 50개의 항목이 들어있다. 그 중에 과학 분야에서 2008년 최고의 발견 10 가지에 관심을 갖고 읽어보았다. 논란이 많이 되었던 가속기, 중국의 우주인 탄생, 화성의 북극 등 다양한 [...]
