ImageJ는 생물학 관련 이미지 처리를 위해 가장 많이 사용되는 프로그램일 것이다. 속도가 (자바로 개발된 프로그램이라기에는) 믿을 수 없을 정도로 빠르고, 다양한 플러그인을 가지고 있으며, 새로운 플러그인을 개발하기도 매우 쉽다는 장점을 가지고 있다.
Fiji는 ImageJ를 여러 종류의 플러그인과 함께 배포하는 패키지이다. 홈페이지에서는 ImageJ : Fiji = Linux : Ubuntu 정도로 설명하고 있다. 내게 가장 반가운 것은, Fiji가 JRuby scripting 환경을 지원하고 있다는 점 (물론 ImageJ 설치 후 직접 만들어도 되지만…). JRuby 말고도 Jython, Javascript는 물론이고 Clojure까지 지원을 한다. JVM에서 돌아가는 스크립팅 언어는 뭐든 쓸 수 있다고 생각하면 편할 듯.
JRuby를 이용해 간단한 배치 작업을 하고 있다. 약 2백만개 정도의 파일을 변경한 후 저장하는 일. 잊지 말아야 할 것은, Fiji가 활성화된 경우에는 속도가 매우 빠르지만, background로 되어 있는 경우에는 실행 속도가 매우 많이 (최소 서너배) 느려진다. 2백만개의 파일을 처리해야 하는 배치 작업이라면, 이런 정도의 속도 차이는 치명적! 따라서, 배치작업을 할 때는 Fiji를 foreground에 놓고, 다른 작업을 하지 않는 것이 좋다.
