Fiji : ImageJ에 힘을 싣다
By lordmiss on 2010/08/03
ImageJ는 생물학 관련 이미지 처리를 위해 가장 많이 사용되는 프로그램일 것이다. 속도가 (자바로 개발된 프로그램이라기에는) 믿을 수 없을 정도로 빠르고, 다양한 플러그인을 가지고 있으며, 새로운 플러그인을 개발하기도 매우 쉽다는 장점을 가지고 있다. Fiji는 ImageJ를 여러 종류의 플러그인과 함께 배포하는 패키지이다. 홈페이지에서는 ImageJ : Fiji = Linux : Ubuntu 정도로 설명하고 있다. 내게 가장 반가운 것은, [...]
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git과 .gitignore
By lordmiss on 2010/07/08
최근에 git을 사용해서 소스 버전 관리를 하고 있다. 처음에 무식하게 모든 파일을 밀어넣은 후에 나중에서야 내가 너무 많은 binary 파일들을 밀어넣었다는 사실을 깨닫게 되었다. 온갖 jpg, gif, png 거기다가 pdf 파일까지. 이런 파일들의 이력 변경을 하고 싶지는 않기 때문에, .gitignore 파일을 생성한 후에 그 안에 무시할 파일의 목록을 넣어줬다. 그렇지만, 이미 인덱스에 들어간 파일은 어떻게 [...]
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InCHI 1.03 출시
By lordmiss on 2010/07/05
InCHI 1.03 버전이 발표되었다. 말할 것도 없이 InCHI는 이제 Chemical Identifier의 사실상 표준이다. 대부분의 small molecular database에서 InCHI를 사용하고 있으며, 최근에는 InCHIKey의 사용도 크게 증가하고 있는 추세이다. 이런 프로그램을 업그레이드하는 것은 절대 쉬운 일이 아니다. 예를 들어, 3천만개가 넘는 PubChem의 모든 화합물들이 1.02 버전을 사용한 InCHI code를 가지고 있는데, 만약 새로운 버전에서 모든 코드를 다 [...]
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QSAR-ML이 발표되다
By lordmiss on 2010/07/05
QSAR-ML이라는 놈이 발표되었다. QSAR에 사용되는 모든 데이터와 descriptor들을 정의된 XML로 표현하는 표준 포맷이다. 이런 방식을 사용함으로서, QSAR 연구가 사람 모든 사람들에게 reproducible하게 만드는 것이 가장 중요한 가치라고 할 수 있겠다. 사실 QSAR 연구 논문을 읽고 나서 그 연구를 동일하게 재현하려고 할 때, 필요한 모든 소프트웨어를 가지고 있다고 해도 동일한 결과를 얻는 것이 거의 불가능하다는 사실은 [...]
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SCI Impact Factor에 대해
By lordmiss on 2010/06/22
말할 것도 없이, SCI Impact Factor는 논문의 질을 평가하는 가장 편리한 잣대로 사용되고 있다. (한국에서 IF가 본격적으로 중요하게 여겨졌던 것은 아마도 BK21 사업 이후가 아닌가 하는 생각이 든다.) 그러나 이 SCI IF가 과연 논문의 가치를 제대로 평가하고 있는가에 대해서는 끊임없이 의문이 제기되어 왔다. 여기에는 여러 가지 이유들이 있지만, 이보다 더 나은 방법을 제시하고 널리 사용되도록 [...]
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화학 뮤직 비디오
By lordmiss on 2010/06/08
We in the Lab (Ooo Ooo) 랩 음악과 화학. 도무지 어울릴 것 같지 않은 조합이다. Nature Chemistry Blog인 The Scepthical Chemist의 이 포스트에 따르면, 미국 UCLA의 Neil Garg 교수는 2학년 유기 화학을 강의하면서, 학생들이 이 강의의 내용을 가지고 뮤직비디오를 만들어서 올리면 약간의 점수를 더 주겠다는 제안을 했고 이후 모두 61개의 뮤직 비디오가 YouTube에 업로드 되었다. [...]
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TotallySynthetic.com을 소개합니다
By lordmiss on 2010/06/07
http://totallysynthetic.com/ Paul Docherty가 운영하는 유기 합성 관련 블로그. 2008년에 천연물의 전합성으로 박사 학위를 취득한 Paul은 2006년 3월부터 이 블로그를 운영해 왔습니다. 저자의 연구 내용 때문이겠지만, 주로 재미있는, 혹은 어려운 분자들을 합성한 논문들을 소개하고 있습니다. 의약화학자들의 합성은 보통 SAR(structure-activity relationship) 패턴을 찾는 것이 목표이기 때문에, 짧은 시간에 다양한 구조의 유도체들을 합성하는 것을 목표로 하는 것이 대부분입니다. [...]
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irb 개선하기
By lordmiss on 2010/05/19
ruby 언어로 (거의) 모든 개발 관련 일을 하고 있는 나로서는 irb가 매우 소중한 프로그램이다. 실제로 일을 할 때도 커맨드라인에서 루비 소스를 실행하는 것보다는 irb에서 실행을 할 때가 훨씬 많다. 기본 irb도 나쁘지는 않지만, 여기에 색을 더할 수 있다면 더욱 좋을 것이다. 사실은 한 스크린캐스트에서 irb 화면을 봤는데, 거기에서는 루비 신택스에 맞는 색을 보여주고 있었다. 프롬프트에 [...]
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여러 운영체제 사용하기
By lordmiss on 2010/05/17
일을 하다 보면 여러 종류의 운영체제를 사용해야 하는 경우가 많이 있다. 특히 특정 환경 하에서만 일을 해야 하는 경우가 많은 회사와 달리 대학 연구실이나 중소 규모 단체 등에서는 사람들의 취향에 따라 여러 종류의 운영체제를 사용하는 것이 결코 낯선 일이 아니다. 내가 지금 일하고 있는 곳에서도 모두 여섯 가지의 운영체제를 사용하고 있다. 윈도우 XP, 윈도우 7, [...]
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Sinatra로 간단한 웹 서비스 개발
By lordmiss on 2010/04/22
사용자의 입력을 받아서 Dynamic하게 데이터를 보여줘야 하는 필요가 있었다. 이 필요를 위해 웹 서비스를 만드는 것이 나을지, 아니면 fxruby같은 GUI tool을 써서 OS independent 어플리케이션을 만드는 것이 나을지 고민을 했다. 고민의 결과는… 어차피 매우 간단한 프로그램인만큼 둘 다 해 보기로 했다. 우선 fxruby부터 시작. 사실 위젯을 그리고 GUI를 만드는데 있어서 fxruby는 매우 쉬운 도구이다. 게다가 [...]
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