Chempedia의 새로운 시작
By lordmiss on 2009/11/04
화합물 정보와 관한 한, 데이터베이스가 부족하다고 느끼는 사람은 거의 없을 것이다. 이미 PubChem과 ChemSpider가 있고, Wikipedia 내에도 상당히 많은 화합물 정보가 존재한다. Wikipedia의 경우에는 정보들을 체계적으로 분류하고 의미화하는 작업까지 진행되고 있다.
그렇다면, 이 글에서 소개하고자 하는 Chempedia는 어떤 장점을 갖는 데이터베이스일까?
정보의 질
Chempedia처럼 겨우 300개도 안되는 화합물만이 등록되어 있는 데이터베이스 시스템이라면, 수천만개의 화합물을 다루는 위에서 언급한 데이터베이스들과 [...]
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Molecular Informatics 잡지 2010년 발행 예정
By lordmiss on 2009/08/22
QSAR & Combinatorial Science 잡지가 2010년부터 Molecular Informatics라는 제목으로 재발행된다. QSAR과 조합화학 기반의 ligand 관련 연구만을 다루던 잡지에서 더욱 범위를 넓히게 되는 것이다.
새로운 연구 범위는 리간드-수용체 상호 작용, 분자 네트워크, 원하는 구조와 성질을 갖는 분자를 디자인하고 이를 실제로 증명하는 과정들을 포함한다고 되어 있다. 특기할만한 부분이라면, 이제는 실험을 통한 validation 부분을 가능하면 포함하도록 권고하고 있다는 점이다. [...]
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Reflect – 단백질과 small molecule 이름에 링크를
By lordmiss on 2009/06/08
Reflect라는 프로그램이 있다. 웹 페이지 안에 있는 단백질 혹은 small molecule의 이름에 자동으로 링크를 걸어주는 파이어폭스용 플러그인이다. String과 Stitch 데이터베이스 안에 들어있는 항목들에 대해서 링크를 걸어주는 것이다.
이 프로그램은 European Molecular Biology Laboratory에서 개발이 되었으며 Elsevier Grand Challenge에서 1등을 차지함으로서 $35,000의 상금을 얻은 프로젝트가 되었다.
말보다는 한 장의 스크린샷이 도움이 될 터…
Reflect의 웹사이트 모습이다. 아주 간단하다. 다운로드 [...]
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Rio – 단순한 아름다움
By lordmiss on 2009/01/12
루비는 매우 우아한 언어이다.
3.times {print "Hello Ruby"}
위의 코드는 “Hello Ruby”라는 문자열을 세 번 출력해 준다. 이 정도 되면 루비는 사람의 마음을 잘 이해하고 있다고 해야 할 것이다. 그래서 나는 루비를 배웠고, 그걸 잘 써먹고 있다.
Zinc에서 화합물 데이터베이스 파일을 전부 다운로드받아야 하는 일이 생겼다. 단순하게 0부터 순서대로 160여개의 파일이 있는데, 개당 약 30메가 정도의 크기이고 [...]
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“대학생을 위한 과학 통계 및 워크플로우 엔진 활용” 교육 안내
By lordmiss on 2009/01/02
제가 근무하는 (사)분자설계연구소에서 다음과 같이 교육을 개최합니다. 관심 있으신 분들의 많은 참여를 부탁드립니다.
제목 : 대학생을 위한 과학 통계 및 워크플로우 엔진 활용
일시 : 2008년 1월 7~9일
장소 : 연세대학교 공학원 B118호 교육장
수강신청 링크
수강료 : 연세대학교 학생 무료, 대학(원)생 30만원, 국공립 연구소 40만원, 회사 50만원
이 교육에서는 대표적인 데이터 시각화 프로그램인 Spotfire, 워크플로우 엔진인 InforSense, Pipeline Pilot, 그리고 [...]
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sdf 파일의 여러 줄 데이터 처리하기
By lordmiss on 2008/12/20
MX는 Rich Apodaca가 개발하고 있는 가벼운 화학정보학 툴킷이다. 이 툴킷은 화학 구조와 데이터 파일의 표준이라고도 말할 수 있는 sdf 파일을 읽고 쓰는데 사용될 수 있음을 이 기사에서 볼 수 있다. 문제는 해당 기사에 내가 코멘트를 남긴 것처럼 SDF 파일 안에 여러 줄로 된 데이터가 있을 경우에는 첫 줄만을 읽어온다는 것이다. 이런 현상은 이 프로그램에서만이 아니고 [...]
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당신은 과학 문맹이 아니신가요?
By lordmiss on 2008/12/10
세계적으로 가장 유명한 주간지의 하나인 [TIME](http://www.time.com/)에서 [2008년 모든 것의 Top 10 리스트](http://www.time.com/time/specials/2008/top10)를 발표했다. 이 리스트에는 뉴스와 과학, 예술과 연예, 비즈니스와 기술과 스포츠, 대중문화 등 네 개의 분류 하에 모두 50개의 항목이 들어있다.
그 중에 과학 분야에서 2008년 최고의 발견 10 가지에 관심을 갖고 읽어보았다. 논란이 많이 되었던 가속기, 중국의 우주인 탄생, 화성의 북극 등 다양한 소식들이 [...]
CSV2UFS 0.12 Release
By lordmiss on 2008/11/05
[UFS][1]는 ‘Unsupervised Forward Selection’의 약자로서 relevance, redundancy, 그리고 multicollinearity 등을 고려하여 분자표현자(일반적인 통계용어로는 independent variable)을 선택하는 프로그램이다. 지난 2000년에 [논문에 발표][2]되었으며, 해당 기능을 하는 프로그램도 [홈페이지][1]에 공개되어 있다.
[(사)분자설계연구소][4]에서 개발한 [PreADMET][5]와 같은 프로그램을 사용해서 많은 수의 분자표현자를 계산한 후에 이를 활용하여 [QSAR][6] 연구를 진행하고자 할 때 가장 문제가 되는 것은 **너무나 많은 분자표현자가 있다**는 점이다. 어떤 [...]
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문헌 정리 소프트웨어에 대한 생각
By lordmiss on 2008/10/24
문헌 정리를 잘 하는 것은 모든 연구자에게 있어서 매우 중요한 일이다. 연구 결과는 오직 논문으로서만 말할 수 있기 때문이다.
내가 처음 대학원에 들어간 90년대 후반에만 해도 문헌 검색을 인터넷으로 하는 것은 생각도 하지 못했고, 거의 Chemical Abstract 책을 뒤져야만 했다. 학부 때 배웠던 논문 검색법 수업에서도 도서관에서 어떻게 Chemical Abstract 책을 봐야 하는지에 대해 배웠던 것 [...]
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Open access 저널 – 그 변화에 대해
By lordmiss on 2008/10/14
저널에 논문을 실었을 때, 그 논문의 저작권은 누가 가지는 것일까?
저널 출판계에는 크게 두 가지의 방식이 있다. 하나는 Springer, ACS, Elsevier 등의 전통적인 출판업자들이 지금까지 사용해온 모델로서, 저자가 자신의 논문을 해당 저널에 싣기 위해서는 자신의 저작권을 출판사로 이전해 주는 권리 이전에 합의를 해야만 하는 상황이다. 이런 상황에서 논문의 실제 저자는 논문에 대한 저작권 일체를 출판사에 주게 [...]
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